ゲームシステムまるまる権利に引っかかることはない
例えばFFのATBみたいな部分的な要素で権利を取られてることはある
最近だと無双の猛将伝ディスク入替とかイナズマイレブンの操作部分とか
裁判沙汰まで行った

システム要素が「名前付き」で「宣伝」に使われたり、マネしたくなったりという
目立つパーツなら一応調べたほうがいいけど
既存のゲームで同じことやってるレベルなら気にしなくていい

メーカーに聞いたってよほどピンポイントでないと迷惑がられるだけだと思うよ