2段のものっていう表現がよくわからない

見た目だけってことならタイルセット設定のダイアログの中ほどにある
通行許可設定・通行方向設定などのボタンを押せばそれっぽい設定はできると思う

それとも十時に重なる谷と橋のように上下別に通行できるマップを作りたいってこと？