＞選択肢（タイトルのはじめから〜などの）SEを鳴らすには、SEリストにファイルを登録してから、変数操作のsys17~19で合っていますか？
合っている

＞カーソルの音と決定の音が一緒の音になってしまうのですが、どこか間違っているのでしょうか？
知らん。そもそもの設定が間違っているか、
開始してから最初のウェイトは基本システム自動初期化(コモン48)が挟まれるのだけれども、その結果変に上書きされているのでは？
コモン48の66行目〜68行目で設定されているから、そこを消すか自分の設定で上書きするかして治るのであればソレ、されないのであれば初歩的なミスか設定ミス

＞ロード画面とかのカーソル音、決定音は別の音がちゃんと鳴ります。
ロード画面は選択肢コマンド使っていないからそもそも設定場所が違う
ユーザDB16の画像/音声設定でメニュー関係の設定として一括で管理されている