＞1Pのキャラクターは通常通り主人公として操作するとして、2Pのキャラクターはイベントという形で操作する事になるのでしょうか？
ある程度不自由でも楽に動かしたいというのであればイベントを動かす形
キチンとしたアクションを作りたいというのであれば、イベントとか主人公とかは使わずに、全部ピクチャで作る
ウディタのマップシステムをそのまま使う場合はどうしても妥協したものになるので、自分の実力に合わせて考えるように

＞また、その場合「このキー入力をした場合、この動作をする」というように1から作る必要があるのでしょうか？
必要がある
誤動作が怖いためデフォルトの入力関係は全て禁止して、1Pの操作入力も2Pの操作入力も全部自分で1から作るように