>>295
可能　取り合えず参考までに

例
1、サブアプリのフレームをメインのフレームサイズに合わせる
・フレーム1（1920ｘ1080）にサブアプリのフレーム（1920ｘ1080）を用意する　
※サブアプリの位置とサイズを（0.0）基点に、またフレーム1のサイズと同じにする

2、フレーム2にサブアプリ用のフレームを組む（1280ｘ720）　
※フレームサイズはフレーム1のアスペクト比率が合っていればＯＫ

3、フレーム1のサブアプリのプロパティにから　
・サブアプリのフレーム番号を指定（この場合フレーム2を指定）

更に以下にチェックする

・変更可能なサイズ
・オブジェクトのフレームを引き伸ばす
・スプライトとして表示
・ポップアップとして表示


質問の意図とは若干違うかも知れないが、サブアプリをレイヤーで階層指定すれば、邪魔にならないと思う。
色々試してサブアプリの挙動を調整してみて。