>>321
説明と同じ条件で検証したが、普通に問題なく破壊できますね。 
「オブジェクト発射時に、煙をオブジェクト作成でアニメーションさせながらミサイルに貼り付け、アニメーション終了で煙破壊」でいいんだよね?
となると、煙のアニメーションの動作、処理に難があるのでは?

思いつく限りで
・煙アニメーションの動作速度が0 (または、煙アニメーションがループ状態)
・終了アニメの指定が間違っている
・アニメーションを強制指定した状態
・ミサイル発射と煙オブジェクト作成が連動していない
・煙オブジェクトを「オブジェクトを作成」で処理する時に、優先順位や条件が必要な状況で、必要な条件が足りてない場合
・背景を保持のチェックが外れている
・割り込み処理に失敗(タイマー、高速ループなど使用時)

取り合えずアクティブオブジェクトのみで動作するか、検証してみれば問題が見えてくると思うよ。