システム用のセーブデータを作ってそこに保存しておくだけ
んで毎回起動時にそのセーブデータから読み込んで、分岐なりなんなり

基本システム2だと
コモン131の71〜72行目で最後にセーブした番号をsystem.savに保存して
コモン78(起動時に自動で実行されるコモン)の208〜210行目で最後にセーブした番号を取得している
こんな感じで物語用とは別個に、システム用のセーブデータを作って利用する。つっても複数のセーブデータに渡って利用したい場合とかだけね