自己満開発だから気にした事なかったが調べた分には暗号化の機能はあるようだぞ
https://docs.godotengine.org/en/3.5/development/compiling/compiling_with_script_encryption_key.html
プロプライエタリなUnreal EngineやUnityであってもガンガンMODが作られている時点で気休めにしかならないとは思うが