Gitを使ったことないけど、
プログラム中の構造体（クラス構造）は、独自に読み込み用として生成するバイナリ・データの構造と結合してるじゃない。
データも一緒にバックアップ取るの？
データのサイズが半端じゃない場合はどうするの？