完全にユーザーが好きな場所に好きなだけ自由生成したものを残したいんだったら
もう謎の技術か異常な努力で頑張るしかないと思うが
ある程度区画の決まってる街づくりや農園ものとかだったら
まず透明オブジェあらかじめ敷き詰めておいて
それをプレイヤーの作用に応じて変化させていく方式がいいんじゃない？