とりあえず、これで↓配列内にはプレハブが入ってくれました。
記述からして当然なんですけど。。。
public GameObject[] Array01;
public GameObject[] Array02;
void Start()
{
　Array01 = new GameObject[10];
　Array02 = new GameObject[10];
　GameObject obj = (GameObject)Resources.Load("prefab_obj");

　for (int i = 0; i < Array01.Length; i++)
　{
　　Array01[i]=Instantiate(obj, new Vector2(0.0f, 0.0f), Quaternion.identity);
　}
　for (int i = 0; i < Array02.Length; i++)
　{
　　Array02[i]=Instantiate(obj, new Vector2(0.0f, 0.0f), Quaternion.identity);
　}
}

ただ、自分が知りたかったのは
Array01,Array02を指定しなくても座標が変わりながらの
ちゃんとArray01,Array02の添字分、
プレハブオブジェクトが並んだことです。。
for文を消せば、それぞれのプレハブも存在しないんです。