図表が何の例なのかが判らないのでそれとは違う話をする
GUIアプリはライフサイクルに従って動作する
Godotの良い例が見つからなかったのでUnityのライフサイクルを元に話を進める
https://docs.unity3d.com/Manual/ExecutionOrder.html
図中の処理を以下の様に読み替えて欲しい
Awake=_init()
Start=_ready()
FixedUpdate=_physics_process()
OnMouseXXX=_input()
Update=_process()

ここで注視するのは画面描画のタイミングでそれは各種Renderingのステージで行われる
Initialization：初期化
Physics：物理演算
Input events：入力反映
Game logic：ゲーム処理
を経て、それらの処理で作られた描画データを元に描画が行われる
描画後は物理演算から繰り返し
これはUnityの例なのでGodotにおいては実行順が異なる可能性がある