そんな使い分けしてたら逆に覚える事多過ぎて大変じゃね？
Unityでも3D用のアセット追加すれば簡単になるよ

https://github.com/unity3d-jp/Project_TCC
https://assetstore.unity.com/packages/tools/animation/animal-controller-malbers-character-controller-148877