その言い回しだとIDの理解に何か誤解があるように思える
タイルセットにはタイルセットのIDがありカスタムデータにはカスタムデータのIDがある

カスタムデータを追加した際にNameプロパティを設定しないとタイルセットエディタ側での表示が
カスタムデータのID番号になるからNameプロパティを設定した方が良いと言いたかったのだが伝わらなかった様だ
実際にあれこれ試せば解ると思うのでやってみれくれ

タイルセットとはタイルマップに表示するタイルの表示方法を定義する情報なので
特別な事情がなければ道も壁も１枚にまとめられるのが普通だと思う