SQliteのようなRDBは階層構造に弱いってことが分かって
自分の場合、

大陸
　王国A
　　村A
　　　店A
　　　　商品
　　　　　アイテムA
　　　　NPCA

という風に深い階層構造で膨大なデータ作ってて、調べた感じオブジェクト指向データベースとかが向いてるらしく
結果的に階層構造が作れるという意味でJSONでやったら読み書きがめちゃくちゃ楽だった
database[大陸][王国][村]って感じでキーでアクセスできるし、key()を使うことで王国一覧とかアイテム一覧の配列を取り出すことも可能
結局JSONで落ち着きそう…ただし便利なソフトがほぼ無いので手作業でデータ書いていくのは大変だけど