>>258
アドバイスありがとうございます。
最初は発生している事象も理解できいなかったのですが、発生している事象が理解できてきました。

258さんの仰る通り、やりたい事はNATなんですが、独自プロトコルでTCPペイロード内に
IPアドレスが含まれていたためRAWソケットで書換しています。
ヘッダ、ペイロード内のデータを書き換える事で上手く動作する事は確認できている状態です。

動作確認をしている際にiptablesが停止していると転送できない事がわかりました。
iptablesを停止している際に、listenしていないポートに対してのACKを受け取るとOSがRSTパケットを送信していました。
iptablesを起動している際は、listenしていないポートで対してのACKを受け取ってもOSがRSTパケットを送信せずに転送がうまくいきます。
iptalbes起動時は何故RSTパケットを送信しないか理由が知りたいです。