どうやら、サードバーティ（この場合QNAP）が開発・配布することは可能らしい。
GPL問題もクリアになって、製品化できたって感じだね。

> GPL と互換がないため、ZFS は Linux カーネルと一緒に配布することができません。しかしながら、サードパーティによってネイティブの Linux カーネルモジュールを開発・配布することは可能です。それが ZFSonLinux (ZOL) になります。

Ubuntuも標準採用してるくらいだし、ZFS on Linux自体は問題無いでしょ。
QNAPはエンタープライズ向けにZFSをずっと扱ってきたから経験もあるし（QES）

多分、Linuxカーネルと一緒に配布することが出来ない、とあるから、追加モジュールとしてオプション販売の形式にしたんじゃないかな？