Qnap上のRoonServerで.m4aファイルが再生出来ない不具合はやはり、
Qnapのファームウェアバージョンアップが原因でした。

手動でffmpegの4.4をインストールしてQnapのffmpegを上書きしたら.m4aファイルを再生出来るように成りました。