自分もUS配列でcapsをトグルにしてるけど
少なくとも打ってる最中は問題ないし近くて便利

さっきチルダ（JISだったら全角半角のとこ）がIME切り替え、shift同時押しでチルダになっちゃったんだけど原因分からないまま治った
他のキーはUS配列のままだったしQMKで設定した通りだった。なんだったんだろう