その辺はもう語りつくされた感はあるけど、デジタル回路のジッタ、ノイズ類が
アナログ出力に影響する場合に、音質の変化は有り得るのは事実だろうね
(あくまで変化、変化の割合等は略)

その辺りになると、コネクタのメッキだのケーブルの材質だの似非科学に浸かる事になるので
一般的な解ではなく、自分で好みの音を作り出す方が有意義
手軽ならイコライザ、沼るがVSTプラグイン等でDSP処理で整えると楽しい