全国新幹線鉄道整備法第2条を普通に解釈すれば、
 200km/h以上=新幹線
 200km/h未満=新幹線以外
だからね。
それに、別の省令で下のような規定もあることだし。

鉄道に関する技術上の基準を定める省令の解釈基準
第39条(道路との交差)関係
鉄道が、道路と平面交差できる場合とは、新幹線又は新幹線に準ずる速度(160km/h を超
え 200km/h 未満)で運転する鉄道以外の鉄道で、鉄道の運転本数及び道路の交通量が少ない
場合や鉄道路線の地勢地形等の状況から立体交差化が真に困難な状況の場合に限る。

新幹線以外で200km/hを認めないなら変ではないが、
新幹線以外で200km/hが可能となれば、200km/h以上でも道路と鉄道の平面交差が可能になってしまい、盛大に抜け道のある規定になってしまう。
なお、鉄道に関する技術上の基準を定める省令は、
第2条1項で全国新幹線鉄道整備法第2条の定義をわざわざ踏襲してる。
であればやっぱり、政府の公式解釈は新幹線以外で200km/h以上を認めないということ。