＜概要＞
一部当事者に最適な小浜・京都ルートVS全体最適な米原ルート　という構図

全線の経営権が欲しいJR西日本・地元に工事と駅が欲しい福井県と一部与党議員連合が小浜・京都ルート派で2016年12月に与党PTという非公式非公開の場にて小浜・京都ルートにすることを決定した(※政府が決定したわけではない)ものの、京都府内などで反対運動が起きる。
その後、2024年3月の北陸新幹線敦賀延伸を機会に議論が再度活発化
また、2024年8月の京都府内の詳細ルート公表の際に工期・事業費も精査された結果、決定時と比較して工期15年⇒25〜30年、事業費2.1兆円⇒3.4〜3.9兆円とほぼ倍増したことで改めて米原ルートを推す声が強くなっている。
鉄道マニアでも知られる前原氏をはじめとする維新の会、関西・中部方面から広く観光客を呼びたい石川などが米原ルート派となっている。また、2025年に入って滋賀県の国会議員からも改めて米原ルートを推す声が上がっている。
一方で福井県知事は2025年初頭に個人的な考えとしながらも、暫定で小浜までの建設を示唆している。

なお、京都市長は４つの懸念を表明し、解消されない場合は着工に同意できないとしている
https://www.city.kyoto.lg.jp/sogo/page/0000338967.html
同じく京都府は財政負担について「受益の範囲内でお願いしたい」との表現で超負担分の全額は負担しない旨を表明している
一方の大阪府知事は、インタビューにて「米原ルートに積極的にくみするわけではないが、２案を冷静に整理した上で、トータルで最終判断すべきではないか」と見直しを示唆している