門から出て平面空間入る船に次の船が門に突入する時間を泡間通信で発信してもらえば良いだけじゃない？
泡間通信は基本的に周り全てが認識できるし、通常空間で艦艇同士がかち合うと事故になるとしても、平面空間側でぶつかったって時空融合するだけだろう

要は通常空間側に入るときに目の前に船がいたら危ないだけなんだから、基本は平面宇宙側からの突入は同時でない程度に節度があれば良く
指定時間に門周辺に近づいたり侵入しようとする船がいなければ電波の通じる通常空間側からも安全に移動できる

変な話、平面宇宙側からの突入は基本自由ではないかな、何しろ平面宇宙側から門内に通信する方法などないのだから
実際作中でも突入時になにか通信したり確認してる様子はないしね