個人事業の年一新規のお客様の準備をしていて、？と思ったので、ご存じの方がいらしたら教えてください。

固定資産台帳と損益計算書の減価償却費、貸借対照表の資産残高と青色決算書の償却明細の未償却残高の整合性についてです。
インストール版のJDLクラウド組曲の会計、償却、所得税申告を使っています。

以下の事例でテスト入力をしてみての疑問です。

固定資産の償却システムでは、
前年期首に事業用の乗用車1,000千円を購入
適用耐用年数5年
事業使用割合　50％に設定し、償却費等については以下のように自動計算されます。
前年法定償却額　200千円
必要経費算入額　100千円

これを会計システムに連動させ、直接減額法の期末一括で償却費の連動計上を指定しました。
車輛の購入は　車両運搬具／事業主借　1,000千円で会計入力しています。

会計上では決算整理仕訳で　減価償却費100千円／車両運搬具100千円が計上されました。

会計ファイルを決算書に連動させたところ、減価償却費に100千円が計上され、貸借対照表の車両残高は９００千円となりました。

ここで　貸借対照表の期末車両残高９００千円、青色決算書の償却資産の明細の未償却残高８００千円と一致していません。

会計仕訳では　本来の法定償却額２００千円を計上したのちに　事業主貸／償却費１００千円
と振替える一手だと思いますが、会計システムではいきなり経費算入割合に基づく必要経費相当額の
１００千円が計上されたので当然の結果ですが、JDLソフトはこのようなしくみなのでしょうか？

もしかして私のまったくの勘違い？
あるいはテストパターンで入力したので、実際と異なる動作をしたのか、または何か設定方法がまずかったのか？
おわかりになれば教えてください

未熟者で初めてのパターンなのでお手柔らかにお願いします！