autoconf にも automake にも互換性のない複数のバージョンがある。
ソフトによって使うバージョンが異なるため複数インストールしておいて使い分ける、などが必要。
例えば Cygwin では automake 1.10, 1.9, 1.8, 1.7, 1.6, 1.5, 1.4 がパッケージとして用意されていて、
使い分けるためのラッパも用意されている。
FreeBSD の ports も似たような状況。