Doxygenはドキュメント生成ツールであってドキュメント記述言語ではないから
適宜表は表示されるよ。例えば関数一覧とかファイル一覧とか。

任意の表を記述したいと言うことなら話は別で。
元々html自体に表を記述するタグはtable以外にはないに等しいからねぇ。
横方向に高々2カラムしかないなら<ul>などで代用できなくもないけれど。