>>325
Doxywizard で、 BUILTIN_STL_SUPPORT にカーソルを持っていったときに
表示される説明は、もう少し分かりやすいです。
STL のクラスを使ってるけど STL のソースをインクルードしたくない場合に
YESにするようにと書いてます。

ファイルの読み込みを抑えたいような場合でしょうか。

逆に処理系付属のヘッダも読み込む設定にしていて、 BUILTIN_STL_SUPPORT も
YES にすると、二重定義のような状況になるんじゃないかと思います。