html4ではなくxml1の読めるブラウザを使えばいいんでない?
# 根本は解決していないけど。
例えば、IE6がこれに該当するからIE8を入れるとか。
どうしても根本的に解決したいなら、ソースを修正するとか出力を加工するとか。

つーか、手元のソースとDoxygenでは再現しないしzipをダウンロードするのは嫌なんだけど、
再現できる状態でここに貼れる程度に短くできない? それと、Doxygenのバージョンも宜しく。