doxygenを意識していないソースコードに
doxygen用のコメントのテンプレートみたいなのを書き込む機能ってありませんか？
例えば

class Hoge
{
...
};
などとあったら
/**
* @brief brief of Hoge
*
* detail of Hoge
*/
class Hoge
{
...
}:
のようなコメントを挿入するような