http://wa2ch.net/

何か話題にしてもらってるみたいでありがとうございます。
>>523>>526
おっしゃる通りJavaScript(jQuery)でやっていますよ。ファイルはthread.jsを参照して下さい。

JavaScriptで、スレッドオブジェクトのプロパティに、レスオブジェクト(最大1001個)を
保持しています(this.resList)。
そして、ID要素でmouseover(jQueryのmouseenter)イベントが発生した時に、
そのIDを元にthis.resListを検索し、該当のレスを抽出してポップアップとして表示しています。
アンカーや、アンカーが付いているレス番号のポップアップも同じ仕組みです。

あんまり長々と説明するとスレ違いなのでこのへんで。あとはソースを読んでみて下さい。
(JSONを作っているのはphpなので、そこが分からないと読みにくいですが)
自分もJavaScriptのスキルアップを図っている最中なので、良いソースとは言えないと思いますが、
他人のソースを読むのは勉強になりますよ頑張って下さい！
あと、WebApp2chについて、アプリ自体やソースにアドバイスありましたら皆さんよろしくお願いします。