エラー処理とか>>40とか無視して短く書いてみた。cscript.exeで動作確認。

var prompt=function(x,y){return'a'};
var alert=function(s){WScript.Echo(s)};
//var alert=print; //for SpiderMonkey, V8, etc
(function(bf){
j=[];s=[];for(i=0;i<bf.length;++i){switch(bf.charAt(i)){case'[':s.push(i);break;case']':j[j[i]=s.pop()]=i;}}
o=[];p='';b=[0],m=0;
for(i=0;i<bf.length;++i){
switch(bf.charAt(i)){
case'>':b[++m]=b[m]||0;break;
case'<':--m;break;
case'+':++b[m];break;
case'-':--b[m];break;
case'[':b[m]||(i=j[i]);break;
case']':b[m]&&(i=j[i]);break;
case',':p=prompt('>','');b[m]=(p&&p.length)?p.charCodeAt(0):0;break;
case'.':o.push(String.fromCharCode(b[m]))
}}alert(o.join(''));return;
})('++++++++[>++++++++<-]>+.');
//})(document.selection?document.selection.createRange().text:document.getSelection());

けどまだ本体部分600字近くあるな。。orz