ありがとうございます

とりあえずo2onのフォルダ内のconfフォルダにあるQuery.xmlとSaku.xmlの内容を確認してみてください、
エディタ等で読み込んでxmlの構造がどこかでおかしいような場合はファイルの破損が原因と思われます。
その場合は同名の空のファイルを同じ場所に作成すればエラーは無くなると思います。
ただ検索登録、削除依頼の情報は失われてしまいます。

また、これは1つの仮説なのですが、o2on互換のソフトを制作中の出来事で、
ある方のノードがDatキーの送信に失敗して正確なxmlを送信できていなく似たようなエラーになることがありました。
もしかしたらそれが原因ということも考えられます（他の方との通信は問題無くできていたので個人の通信環境などの問題で起こる極希なケースかもしれません）
その場合は特に気にする必要はありません、Datキーも他のノードから正確な情報を受け取ることが出来るので問題は無いです。

直接の作者ではないので私が知る限りの原因はこれくらいしか把握出来ていません、
上記のケースに当てはまらない場合は申し訳御座いませんがお力になれません。