Silverlightって今はWebプラットフォームというより
.NETのクライアントを簡単に配布するためのものという扱いなので
HTML5やWebGLと比べるようなもんじゃないぞ
ユーザーがサイトを許可すればクロスドメイン制約がなくなったりするどころか
ローカルファイルにも無制限にアクセスできたりCOM使えたりやりたい放題だから対策もクソもない
3Dもその権限昇格モードに限定すればいいだけ