そうなる前に、誰かがなんかのエラーを発してるはず
或いはエラーを殺しちゃってるかどうか
大概マズイことには口を噤むのが社畜の習い性

エラーにならないよう対策するか、エラー時に対策するか

コピーすらできないなら、サーバー側での対策として
バックアップ時に戻すか
そのファイルさえ救出出来たら修復できるんだろうけど