どうしてデータがビルドに関係するんだろう？

と考えてみたが、ソースフォルダに入れて管理してるのだろうか？
src/java/resource にリソース入れて target にコピーするようにとか。

邪道っぽいけど通常のデータフォルダにリソース入れておいて、実行時のクラスパスで指定したら？
コピーで時間かかるという理由だったらそれで解決するんじゃない？
コピー以外の理由は思いつかない。

というか更に考えたら、Eclipse だと逐次でコンパイルされるから、Ant とか Maven, Gradle の問題じゃね？