マージの際の並び順とかは設定で変えれるようにする。
op,sc,netのsubject.txtがあるとして

op1 sc1 net1
op2 sc2 net2
op3 sc3 net3
↓
op1
sc1
net1
op2
sc2
net2
op3
sc3
net3

ってのが基本形で、あとはもうひとつソートするキーを選べるようにする。勢いだとか、新着数だとか。
それによって

sc1
op1
net1
net2
sc2
op2
sc3
net3
op3

みたいな感じになったりする。
マージしてしまえば現行の専ブラと同じようにスレ一覧表示してやるだけ。もちろん新たに掲示板識別のフィールドも追加してやる。