>>219
https://github.com/Microsoft/TypeScript/wiki/Roadmap
の2.0にあるImprove lib.d.ts modularityがそれを簡単にやる為のものらしい
要するに今のところそういう事が簡単に出来無いってこと
http://blog.scottlogic.com/2015/08/10/ts-vs-proj.html
この辺に一応回避方法が書いてあるよ