最近はもうnamespaceを使うのはお勧め出来ないな。ES6の機能にないし
https://blogs.msdn.microsoft.com/typescript/2016/02/22/announcing-typescript-1-8-2/
この最初に書いてある方法がclassを拡張するには今時の方法なんじゃないかな？

ES6のmoduleは1ファイル1モジュールな感じだから全部のファイルを特定のモジュール名で括るという
考えは捨てるべきだと思われる
メインのファイルがそのほかを全部importして必要なものをexportするべきだろうね