皆様ありがとうございます…解決しました…chrome.〜〜に引数が設定されてなくてエラーになるという超凡ミスでした…
エラーメッセージの意味をきちんと理解しないといけないですね…

--- コンパイルエラー ----------------------------------------------------------
if (window.location.href.indexOf('aaa.com') !== -1) {
chrome.pageAction.onClicked.addListener();
}
------------------------------------------------------------------------------

--- コンパイル正常 -----------------------------------------------------------
if (window.location.href.indexOf('aaa.com') !== -1) {
chrome.pageAction.onClicked.addListener(() => {

});
}
------------------------------------------------------------------------------
あと、仰る通り<reference path= />なくてもコンパイル通りました

皆様お騒がせしました