FA業界にいますが、両方使ってます。
正直、どっちが良い、悪いってのはないです。
ただ、制御系ではC++BuilderまたはVC++6、それ以外はC#を選択するといった、暗黙の流れがあるようです。

ただ、外注に委託するときに開発環境としてC++Builderを指定すると、嫌な顔されることは多々あります。