普通にセットアップすると、最新の安定版buildToolsがインストールされて、
プロジェクトを作ると最新のandroidプラグインを使ったプロジェクトができて、
最新のandroidプラグインはデフォルトで最新の安定板buildToolsを使うようになってるから
普通は問題起きないんじゃね？