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networkXっていうPythonのグラフアルゴリズムのライブラリに、グラフ同型判定の関数があるよ。
is_isomorphic()
ソースコードも見れるから、実装の参考にしては。
VF2アルゴリズムというのを使っているらしい。どういうのかは、知らない。。