マウスの件ですが、サイズ1x1のウインドウを作って、WM_TIMERでウインドウを追尾するようにして対処しました。
透過ウインドでアルファ１設定しています。０にしちゃうとダメっぽいです。もっといい方法あるのでしょうか？
hWnd = CreateWindowEx(WS_EX_TOPMOST | WS_EX_LAYERED, szWindowClass, szTitle,WS_POPUP,0, 0, 1, 1, NULL, NULL, hInstance, NULL);
SetLayeredWindowAttributes(hWnd, 0, 1, LWA_ALPHA); // 透明１
int n;do { n = ShowCursor(0); } while (n >= 0); // マウスカーソルを消す
case WM_TIMER: POINT pt;GetCursorPos(&pt);SetWindowPos(hWnd, HWND_TOPMOST, pt.x, pt.y, 0, 0, SWP_NOSIZE);