動かない原因は、:resource-paths ["resources" "lib/jme3/*"]
lein2になってからワイルドカード使ってjarをまるごと解決ってのが出来なくなってlein runすら動かないと思うし、直接lib/jme3/hoge.jarみたいに指定しても、uberjar時にjar内にjarが出来てそのままではうまくいかない
簡単な解決方法としては、Mavenレポジトリを使った方法で、以下変更点によってlein uberjarがうまくいく
念のためleinのアップデートもね

; project.clj
(defproject tiny-game "0.1.0-SNAPSHOT"
:dependencies [[org.clojure/clojure "1.8.0"]
[org.jmonkeyengine/jme3-core "3.2.0-stable"]
[org.jmonkeyengine/jme3-desktop "3.2.0-stable"]
[org.jmonkeyengine/jme3-plugins "3.2.0-stable"]
[org.jmonkeyengine/jme3-jogg "3.2.0-stable"]
[org.jmonkeyengine/jme3-blender "3.2.0-stable"]
[org.jmonkeyengine/jme3-lwjgl "3.2.0-stable"]]
:repositories {"jcenter" {:url "https://jcenter.bintray.com/";}}
:resource-paths ["resources"]
:main tiny-game.core
:aot :all)

; core.clj
(ns tiny-game.core
(:gen-class)
...)