まぁ git checkout でブランチ変えるたびに make clean なりでキレイサッパリにするならタイムスタンプ復元しても問題は生じないだろうな

タイムスタンプを復元して何が嬉しいのか良く分からないけど
（ファイルに変更を加えた日を知りたいだけなら適切にコミットしてたらファイルに手を加えた日とコミットした日に大きな違いはないだろうから確認に困るってことはないし）

git以外の何らかの管理ツールがタイムスタンプで何らかの整合性を保っててその管理ツールのデータファイルもgitリポジトリに一緒に突っ込んでるとかかなあ？