沢山ご回答ありがとうございます。
皆さんのご意見を伺った限り、やはり正規表現一本では難しそうですよね…

はじめは前処理で既成のsqlパーサなどを通して、きれいに整形して別ファイルに保存してから処理する方法も検討していましたが、
できれば現物ファイルを生のまま読み込んで正規表現でなんとか行けないかなと思い試行錯誤していて、
うまい書き方が全然できなくてここに書き込みさせて頂いた次第です。

>>483
使用できる正規表現はPCREです。

具体的にはPHPで省メモリで巨大なSQLファイルを実行する仕組みが作りたくて
相談させてもらいました。自分の頭の中のアイデアでは
　1.fileをbufsize分readして
　2.正規表現でマッチするかチェック
　3.マッチしていたらそのSQLを実行。マッチした文より、先の部分は次の実行のためにバッファに積んで1へもどる
　4.マッチしていない場合は更にbufsize分read、2->4を繰り返す。
こんなイメージでした。

それを鑑みると、>>480さんのアイデアはちょっとありかなとも思います。
スレ違いなっちゃいますが、regexを使わずプログラム上でクオートの始まりと終わりを正しく
処理できれば随分楽できそうな気がします。一考の余地ありですかね？