ごめんなさい
上のTestって関数を呼んでた・・・・

JNIEXPORT void JNICALL nativeTest(JNIEnv *env, jobject thiz, jstring filename) {
　jboolean copy = false;
　const char *p = env->GetStringUTFChars(filename, &copy);
　Hoge(p); //間違ってた
}

void Hoge(const char * p) {
　//*pが""になる
}