最初のスクリプト修正
input = gets.chomp
s1,s2,s3 = input.split(" ")

a = s1.split(//)
b = s2.split(//)
c = s3.split(//)

p a,b,c

次のやつの例
input = gets.chomp
arr = input.split(" ")

result = []
arr.each do |s|
result << s.split(//)
end

result.each do |e|
p e
end

うまく処理が行われるように変数名を変えたのがポイントであるが眠いので説明はほかの人に譲る
とにかく基礎知識が足りないので焦らずにまずは変数とかそのへんの解説を読むのだよ