別に間違いじゃねぇと思うけど。最初の1回ぐらいユーザーに選択させりゃいい。androidだって動的権限でダイアログ出したりするんだからそれぐらいの手間は許容範囲だと思うけど。

もしくはそれ避けたいなら確かファイルシステムに完全にアクセスできる権限が追加されたと思ったけど。
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/uwp/files/file-access-permissions
broadFileSystemAccessのがある。