バイナリ変換とか変なことをするからややこしくなっている
データの解析なんてせんでいい
ファイルは素直にファイルのまま扱えばok

http://www.excel.studio-kazu.jp/kw/20140404154224.html
で、ここ見ておもったんだけど、htmlファイル作ってform用意して、submitすればいいだけじゃない？
ファイルが何個もあるとめんどくさいけど